فتح «قلعه» تیم ملی

امیر قلعه‌نویی برای دومین بار به عنوان سرمربی تیم ملی فوتبال ایران انتخاب شد. قلعه‌نویی مربیگری خود را از کشاورز و برق تهران در اوایل دهه ۸۰ آغاز کرد و با حضور در استقلال بود که توانست خود را به عنوان یک مربی قهرمان مطرح کند.
"برنامه سه ساله" یکی از همان کلیدواژه هایی بود که امیر قلعه نویی وارد فوتبال ایران کرد و توانست بعد از ۳ سال حضور در استقلال این تیم را به قهرمانی در لیگ برتر برساند.
او بعد از این موفقیت با استقلال و از طرفی نتایج ناامیدکننده تیم ملی در جام جهانی ۲۰۰۶ به عنوان سرمربی ایران انتخاب شد تا در جام ملت‌های آسیا روی نیمکت ایران بنشیند. قلعه نویی در تیم ملی ایران در ۱۷ بازی به ۱۰ برد، ۶ مساوی و یک باخت رسید. تیم او تنها یک شکست مقابل مکزیک با نتیجه ۴-۰ را تجربه کرد.
او در جام ملت‌های آسیا توانست با ایران به دور حذفی برسد و برابر کره جنوبی در ضربات پنالتی شکست خورد.
قلعه‌نویی پس از جدایی از تیم ملی روی نیمکت مس کرمان نشست و سپس در بازگشت به استقلال بار دیگر این تیم را به قهرمانی رساند. تیم فوتبال استقلال تهران با قهرمانی در هشتمین دوره لیگ برتر موفق شد برای بار دوم قهرمان ایران شود و جشن قهرمانی را در شهر مشهد برپا کند.
وی سپس به سپاهان اصفهان رفت و دو قهرمانی پیاپی را با سپاهان به دست آورد تا برای سه فصل پیاپی حرف اول را در فوتبال ایران  ، تیم‌های امیر قلعه نویی زده باشند. در دومین سال او با سپاهان شاهد رکوردشکنی‌های این مربی هم بودیم.
سپاهان در دوره‌ دهم لیگ برتر عنوان نخستین تیم را به دست آورد که توانسته از عنوان قهرمانی‌اش دفاع کند. امیر قلعه نویی در دوره‌ی نهم لیگ برتر هم توانسته بود تیمش را به مقام قهرمانی برساند. امیر قلعه نویی هم با ثبت این موفقیت، چهارمین قهرمانی‌اش را در لیگ برتر تجربه کرد.
سپاهان در حالی قهرمان دوره‌ دهم لیگ برتر شد که فصل را بسیار بد آغاز کرده بود و امتیازهای زیادی را در هفته‌های آغازین از دست داده بود.
 سپس پس از یک فصل حضور در تراکتور دوباره سرمربی استقلال شد و این تیم را ضمن قهرمانی در ایران به نیمه نهایی لیگ قهرمانان آسیا رساند. قلعه نویی در استقلال جانشین پرویز مظلومی شد.
استقلال در نیم فصل لیگ دوازدهم با ۳۱ امتیاز و به خاطر تفاضل گل کمتر نسبت به سپاهان در جای دوم ایستاد اما در نیم فصل دوم با کسب ۳۶ امتیاز موفق شد با کسب ۶۷ امتیاز موفق به کسب عنوان قهرمانی شود.